spectarr
Plataforma auto-alojada para gestión de datos de espectrometría de masas, que organiza archivos de adquisición, permite inspección de espectros en el navegador y automatiza la conversión a formatos abiertos como mzML.
Ficha actualizada 25 sept 2026, 22:04 · upstream 25 sept 2026, 21:50 · release v0.3.0
Qué es spectarr
Descripción editorial construida a partir del repositorio, su documentación y sus señales de mantenimiento.
MassSpec (anteriormente Spectarr) es una plataforma auto-alojada diseñada para centralizar datos dispersos de instrumentos de espectrometría de masas. Funciona como un repositorio único donde se almacenan archivos originales inmutables con verificación SHA-256 y se generan vistas legibles para herramientas de análisis existentes. Soporta formatos nativos como mzML, MGF y MS2, además de lectores directos para Thermo RAW y Bruker .d mediante ProteoWizard.
La interfaz web permite filtrar catálogos de espectros por tiempo de retención, nivel MS o carga, sin cargar archivos completos en el navegador. Incluye un agente de adquisición que puede ejecutarse junto a computadoras de instrumentos (Windows/Linux) para subir archivos automáticamente, con soporte para reanudar transferencias interrumpidas y colas offline.
La arquitectura se basa en un único contenedor Docker con SQLite como base de datos y almacenamiento en sistema de archivos. Ofrece API REST, webhooks firmados y un servidor MCP seguro para integraciones externas sin acceso directo a la base de datos. Se recomienda usar rootless Docker y realizar copias de seguridad verificadas periódicamente.
El proyecto está preparando su primera versión pública y acepta feedback sobre compatibilidad de formatos y flujos de trabajo de laboratorio real.
- Centralizar archivos de adquisición dispersos en carpetas de instrumentos o redes
- Inspeccionar espectros y cromatogramas directamente desde el navegador sin descargar datos completos
- Automatizar la conversión reproducible a formatos abiertos (mzML, MGF) con registro de checksums
- Importar conjuntos de datos públicos de PRIDE directamente al servidor mediante cola paralela
- Integrar flujos de trabajo externos mediante API REST o servidor MCP seguro
- Gestionar copias de seguridad y restauraciones independientes para recuperación ante fallos
- Arquitectura monolítica en un único contenedor Docker con SQLite integrado
- Soporte nativo para formatos abiertos (mzML, mzXML, MGF) y lectores directos de Thermo RAW/Bruker .d
- Agentes de adquisición idempotentes que reanudan transferencias interrumpidas automáticamente
- Almacenamiento inmutable con verificación SHA-256 para garantizar integridad de los datos originales
- Interfaz web optimizada para filtrar espectros sin cargar archivos completos en el cliente
- API REST y servidor MCP seguro para integraciones externas sin exponer la base de datos
- Requiere Docker y sistema Linux x86-64 según especificaciones oficiales
- El agente de adquisición necesita validación del comportamiento de escritura específico de cada instrumento
- La primera versión pública está en fase de preparación (release candidate) con posibles bugs pendientes
- Dependencia de ProteoWizard para conversión de formatos propietarios, lo que añade complejidad externa
- El almacenamiento de datos reside en un único directorio, requiriendo gestión manual de copias de seguridad
Capturas del proyecto
Imágenes reales detectadas en la documentación del repositorio.
Perfil de infraestructura
Estimación inicial derivada del repositorio y de los servicios detectados.
Despliegue detectado
Qué señales reales de instalación hemos encontrado.
Iniciar con docker run o docker compose. Montar volumen /data para persistencia y /var/run/docker.sock para conversión ProteoWizard. Usar rootless Docker recomendado. Port 3280 para dashboard, 8281 para API. Configurar backups en Settings → Backups. Migrar datos existentes antes de cambiar rutas SPECTARR_DATA_DIR o SPECTARR_STORAGE_DIR.
Stack y dependencias
Componentes inferidos a partir de manifests, configuración y documentación.
Puede sustituir a
Relaciones detectadas por el análisis del repositorio y su categoría.
Experiencia real de la comunidad
Ayuda a contrastar la estimación automática con instalaciones reales.
Todavía no hay datos comunitarios para este proyecto.