SeqDesk
Plataforma auto-hospedada para gestión de instalaciones de secuenciación, desde pedidos hasta publicación en ENA. Utiliza Next.js y React con Node.js y Python, almacenando datos en PostgreSQL. Soporta ejecución local o en SLURM.
Ficha actualizada 24 sept 2026, 12:10 · upstream 24 sept 2026, 11:37 · release v1.1.130
Qué es SeqDesk
Descripción editorial construida a partir del repositorio, su documentación y sus señales de mantenimiento.
SeqDesk es una plataforma web auto-hospedada diseñada para gestionar instalaciones de secuenciación. Permite administrar pedidos, muestras, estudios con metadatos MIxS y archivos de secuenciación. Integra pipelines bioinformáticos (Nextflow) para control de calidad, limpieza de lecturas y ensamblaje, enviando resultados a ENA.
El sistema se basa en Next.js, React y Node.js, con backend en Python y base de datos PostgreSQL 14 o superior. No utiliza Docker ni Compose nativamente; requiere instalación manual en Linux o macOS (x64/ARM64) gestionando procesos vía PM2. La complejidad es media, necesitando al menos 2 núcleos CPU y 2 GB de RAM.
Destaca la gestión de checksums y barcodes para archivos, monitorización en vivo y despliegue en redes cerradas o intranet. No soporta Windows nativo ni SQLite. La instalación oficial incluye herramientas para configuración de almacenamiento y carga de datos de demostración.
- Gestión integral de pedidos y muestras con formularios configurables
- Administración de estudios con metadatos estandarizados MIxS
- Ejecución de pipelines bioinformáticos locales o en SLURM
- Envío automatizado de lecturas y ensamblajes a ENA
- Monitorización en vivo de procesos de secuenciación
- Plataforma 100% auto-hospedada para mantener datos propios
- Integración nativa con gestores de colas como SLURM
- Soporte completo para Nextflow y nf-core
- Interfaz moderna basada en Next.js y React
- Validación de integridad mediante checksums y barcodes
- No utiliza Docker ni Compose nativamente (requiere instalación manual)
- No soporta Windows nativo (solo Linux/macOS o WSL guía)
- Requiere PostgreSQL 14 o superior (SQLite no compatible)
Perfil de infraestructura
Estimación inicial derivada del repositorio y de los servicios detectados.
Despliegue detectado
Qué señales reales de instalación hemos encontrado.
Instalar en Linux o macOS con Node.js >=22.13.0 y PostgreSQL 14+. Usar script oficial de instalación para prompts guiados. Configurar ruta de datos explícitamente (seqdesk storage configure). No exponer directamente a internet; usar VPN/intranet. Gestionar procesos con PM2. Actualizaciones vía Admin → Settings.
Stack y dependencias
Componentes inferidos a partir de manifests, configuración y documentación.
Puede sustituir a
Relaciones detectadas por el análisis del repositorio y su categoría.
Experiencia real de la comunidad
Ayuda a contrastar la estimación automática con instalaciones reales.
Todavía no hay datos comunitarios para este proyecto.